วิธีการควบคุมแมลงวันที่ดีที่สุดคือการปรับปรุงสิ่งแวดล้อมให้ถูกสุขลักษณะ ทำลายแหล่งเพาะพันธุ์แมลงวันได้แก่กองขยะ เศษอาหาร หรือมูลสัตว์ตามคอกปศุสัตว์ ซึ่งต้องมีการทำลายอย่างมีระบบไม่ทำให้เกิดมลภาวะต่อสิ่งแวดล้อม นอกจากนี้ยังมีวิธีการกำจัดแมลงวันตัวเต็มวัยโดยใช้กรงดักแมลงวัน ใช้กาวเหนียวล่อจับแมลงวัน การใช้ลวดไฟฟ้าฆ่าแมลงวัน การใช้ไม้ตีแมลงวัน การใช้เหยื่อพิษ และการใช้ยาฆ่าแมลงเพื่อควบคุมประชากรแมลงวัน